馆陶县人民检察院现有内设机构共5个，包括办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部。下面是各内设机构的文字简介：

　　（一）办公室。

负责日常政府、办理文电、会务、机要、文秘、档案、保密等工作；协调督办上级重要工作、批办事项；负责人大代表联络及管理检务协作、经费资产、信息化建设等工作。

   （二）第一检察部。

   负责刑事案件审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉；负责开展相关联监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查，办理相关刑事申诉案件；负责检察机关社会治安综合治理工作；负责开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪工作。

   （三）第二检察部。

   负责对申请监督和提请抗诉的民事、行政案件的审查、抗诉，对县人民法院民事、行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事、行政执行活动实行法律监督。开展民事、行政支持起诉工作，办理民事、行政申诉案件；负责办理生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域的行政公益诉讼案件；负责对县人民法院开庭审理的公益诉讼案件派员出席法庭，依照有关规定提出检察建议。办理公益诉讼申诉案件。

   （四）第三检察部。

   负责刑事执行检察、控告申诉检察、案件管理、法律政策研究等工作；负责受理案件流转、办案监督、监管涉案财物和案件文书、案件信息公开、案件质量评查、业务考评和统计分析，负责人民监督员工作及业务应用系统的应用；受理审查控告申诉、信访事项和司法体制改革综合协调等工作；负责馆陶县人民检察院检察委员会日常工作。

   （五）政治部（司法警察大队）。

   负责干部人事、教育培训、检察宣传、表彰奖励、舆情应对、党建群团、党风廉政、检务督察、离退休等工作。负责司法警察教育、管理、执勤等工作。